Già ancora vivendo il papa, il collegio de' cardinali aveva ricchiamato il Caraffa, e dopo la morte, nella prima congregazione che i cardinali tennero, fu liberato dal Castello il cardinale Morone, impreggionato, che era stato vicino ad esser sentenziato per eretico. Vi fu gran difficoltà se poteva aver voto nell'elezzione, opponendosi quelli che lo tenevano per contrario; ma in fine fu decchiarato che intervenisse. Furono i cardinali costretti a consentire che le insegne di casa Caraffa per tutta Roma fossero stracciate le mobili e demolite le stabili.
      Ridotti poi nel conclavi il 5 settembre, ottavo giorno dopo il legitimo tempo, trattenuti dagl'inconvenienti, composero i capitoli che secondo il costume da tutti sono giurati a fine di dar qualche ordine al governo, tutto sconcertato per i modi troppo severi tenuti da Paolo. Due ne furono spettanti alla materia di che trattiamo: l'uno, che la differenza con l'imperatore, come pericolosa di far perdere quel rimanente di Germania che restava, fosse sopita et egli riconosciuto per imperatore; l'altro, che per la necessità della Francia e della Fiandra il concilio, come unico rimedio contra le eresie, fosse restituito.
     
     
      [Filippo in Spagna procede con ogni rigore contra i luterani, et in Francia il Borgo è arso per la medesima causa]
     
      La vacanza del ponteficato fu piú longa di quello che le necessità del tempo comportavano, e causata piú dall'interesse de' prencipi, che se vi interposero oltra il consueto, che per proprie discordie de' cardinali; i quali mentre erano nel conclavi serrati, il re Filippo da' Paesi Bassi partendo per mare, passò in Spagna, avendo patito una gran fortuna et a pena riuscitone salvo, perduta quasi tutta l'armata con una supellettile di grandissimo preggio che seco portava, risoluto di fermarsi in Spagna senza piú vagare; diceva d'esser liberato per singolar providenza divina, acciò si adoperasse ad estirpar il luteranismo, al che diede presto principio.