Questo partoriva piú tosto confusione; perché non essendo gl'eretici dannati nominatamente, conveniva conoscer i libri piú tosto dalla qualità della dottrina, che dal nome degl'autori; e parendo a diversi diversamente, nascevano scrupuli di conscienza innumerabili. Gl'inquisitori piú diligenti si facevano cataloghi di quelli che a loro notizia pervenivano, i quali non confrontando, non bastavano a levar la difficoltà. Il re Filippo di Spagna fu primo dar forma piú conveniente, facendo del 1558 una legge che il catalogo de' libri proibiti dall'Inquisizione di Spagna si stampasse.
      Al qual essempio anco Paolo IV in Roma ordinò che da quell'officio fosse composto e stampato un Indice, come fu esseguito del 1559, nel quale furono fatti molti passi piú inanzi che per lo passato, e gettati fondamenti per mantener et aggrandir l'autorità della corte romana molto maggiormente, col privar gl'uomini di quella cognizione che è necessaria per difendergli dalle usurpazioni. Sino a quel tempo si stava tra i termini de' libri de eretici, né era libro vietato, se non di autore dannato. Questo indice fu diviso in tre parti: la prima contiene i nomi di quelli, l'opere de' quali tutte, di qualonque argomento siano (eziandio profano), sono vietate; et in questo numero sono riposti non solo quelli che hanno professato dottrina contraria alla romana, ma molti ancora sempre vissuti e morti nella communione di quella. Nella seconda parte si contengono nomi de' libri che particolarmente sono dannati, non proibiti gl'altri degli stessi autori.