Nell'anno mille cinquecento quaranta sette, Don Pietro di Toledo essendovi Vicerè, volle superar le difficoltà, e venne all'essecuzione, laqual cosa eccitò tanta commozione, e sedizione popolare, che fù quasi una guerra tra quel popolo, e li Spagnuoli pressidiarij, con morte di molti, d'ambe le parti, e restando li Spagnuoli superiori, per haver le Fortezze, il tumulto si quietò, e dal Vicerè furono puniti i principali, parte con morte, e parte con essilio; Cessò, nondimeno dall'impresa d'introdur l'Inquisizione, non tanto per timor di nuova sollevazione, quanto per gl'efficaci Offizi del Papa, e de' Cardinali, restando in Spagna il pensiero d'effettuar un giorno la deliberazione, ed in Roma parimente la risoluzione di opporsi: Onde sino al giorno d'hoggi si resta senza Inquisizione in tutto quel Regno. E se qualche caso occorre, è spidito dal Vescovo, overo è delegato dà Roma, od altro Prelato, il qual però non opera, se prima non hà licenza dal Vicerè.
      Nei paesi Bassi, doppo nata la setta Luterana furono dai Magistrati secolari, senz'altr'Offizio d'Inquisizione, puniti gl'heretici, hora di morte, ed hora d'essilio: liquali Magistrati havendo per la coppia de'gl'heretici rallentato il rigore, l'Anno 1550. deliberò Carlo V. Imperadore d'introdur l'Inquisizione nella forma di Spagna, e publicò anco il Decreto: mà essendo avvertito dà Maria Regina d'Ungheria sua sorella, e Governatrice di quei stati, che tutti li Mercanti forastieri sarebbono partiti, e le Città rimarebbono senza traffici; con un altro Editto dichiarò, che l'Inquisizione non dovesse haver potestà sopra forastieri; e quanto alli nativi, mitigò molto la forma; ne però fu data l'essecuzione alla volontà dell'Imperatore, se non imperfettamente: Mà per il più la Giustizia contro gl'Heretici restò nel Magistrato, e sempre andò rallentandosi maggiormente.