Naturalmente dovevano sorgere dubbi principalmente riguardo ai nuovi caratteri che avrebbero acquistato le nuove forme viventi, se questi nuovi caratteri fossero o non ereditari. Venne la dottrina di Weismann, dalla quale si negava che i caratteri acquisiti potessero ereditarsi; dottrina seguita con propri esperimenti da Galton e da molti. Da essa nacquero difficoltà grandi sulla dottrina evolutiva; se non che Weismann modificò un poco la sua teoria, ma i dubbi e le difficoltà non sparirono affatto. I darwinisti puri, come Romanes e altri, furono oppositori del weismannismo, che visse e vive ancora, non così come quando apparve.
      Nè meno gravi discussioni si son fatte intorno ai fattori dell'evoluzione organica; Darwin nell'opera sua se ne era intrattenuto come parte capitale della sua dottrina. Le influenze che vengono dal mondo che circonda la vita, l'isolamento, la nutrizione, la lotta per la vita, la sopravvivenza del più adatto, e la favorita idea del Darwin, la selezione naturale, ebbero ed hanno fautori e oppositori insieme, di parte o di tutto il complesso di tali influenze e fattori; ma la controversia non è cessata, perchè nuove idee sono sopraggiunte più o meno teoriche. Malgrado queste discussioni e controversie, una cosa rimaneva salda, la dottrina dell'evoluzione, considerata come una conquista definitiva alla biologia, ma senza discernere i fenomeni di variazione delle specie da quelli supposti di trasformazione; l'una e l'altra ormai erano fuse in un unico concetto, ritenuto come un domma incrollabile, ancorchè non fossero soddisfacenti le teorie secondarie e le spiegazioni.