Ma vennero le obbiezioni, che sono contrarie a questa continua ininterrotta ascendenza delle forme animali. Una di esse, lasciando da parte le teoriche, è l'assenza di legami fra le varie classi, fra le minori e le maggiori dall'aspetto di organizzazione; non importa, si ammettono con varie ipotesi, e si ricercano intanto i progenitori di qualche classe, i quali dovrebbero avere caratteri intermedî. La fauna vivente ha dato delle sorprese con l'Amphioxus, le Ascidie, l'Ornithorhincus, non importa se queste sono forme recenti e viventi. La paleontologia è silenziosa a questo riguardo; è la sua colpa, perchè o le forme sono distrutte, o non sono state scoperte, o giacciono nel fondo degli oceani. Ammesso, come un dogma, che gli animali sono una catena di antenati e di discendenti, come ha meravigliosamente e artisticamente costruito Haeckel, tutte le obbiezioni e tutti i fatti in opposizione non debbono distruggerla, soltanto si devono ricercare i mezzi, e le teorie fra i mezzi, per consolidare questa forma di teoria dell'evoluzione e abbattere le opposizioni: questo avviene da sessant'anni.
      È stato senza dubbio Darwin che ha potuto fermare i biologi e aprire le vie a nuove discussioni e a nuove rivelazioni sulla biologia animale e vegetale. Ma il còmpito di Darwin non andava oltre all'origine delle specie, nè egli era monista intransigente come Haeckel, ammise quattro o cinque progenitori della fauna, e altrettanti della flora (Origin of species, ed. cit. pag. 424). Fu Haeckel principalmente che mutò la dottrina in trasformazione delle forme animali; l'anatomia comparata e l'embriologia si sono costituite a rocca difensiva della teoria dell'evoluzione per trasformazione, e sempre sulle forme viventi, fondando i loro capisaldi, che paiono inattaccabili.