Ildebrando per mezzo de' suoi predecessori, de' quali era l'unico consigliere, fece tentare la riforma del clero. Egli sentiva vivamente che per renderlo onnipossente conveniva accrescere per lui il rispetto del popolo, ed attaccarlo più strettamente al suo capo. Molti parrochi, e probabilmente alcuni vescovi erano solennemente ammogliati; i regolamenti ecclesiastici non ne avevano loro assolutamente tolta la facoltà(205); ma il popolo da molto tempo non accordava la sua ammirazione che alle virtù monacali, e risguardava come degni di maggior rispetto gli ecclesiastici celibi. Questi ultimi, rinunciando agli affetti di famiglia, consacravano tutto intero il loro cuore alla Chiesa; quindi erano più ligi ai papi, più zelanti e più potenti. Ildebrando risolse di non soffrire uomini ammogliati tra i ministri dell'altare, e mosso da' suoi suggerimenti, Stefano IX l'anno 1058 dichiarò il matrimonio incompatibile col sacerdozio, che tutte le mogli dei preti erano concubine, e che tutti coloro che non le abbandonavano, erano sul fatto scomunicati. Una tanto grave ingiuria fatta ad uomini rispettabili, e ch'eransi uniformati alle leggi del loro stato, non fu pazientemente tollerata: il clero di Milano si tenne più offeso degli altri, perchè allegava l'espressa permissione del matrimonio accordata da s. Ambrogio a quella diocesi, e l'esempio di due arcivescovi ammogliati(206). Riclamò con vigore, resistette, ed oppose a quella del papa la decisione d'un concilio: ma Ildebrando sprezzò la sua resistenza, ed i parrochi refrattarj furono denunciati come infetti d'eresia, quando altro non facevano che difendere le antiche loro costumanze.