Ma l'ambizione delle più potenti città, che risguardava questa istituzione come un ostacolo alle sue viste d'ingrandimento, non permise che sussistesse lungo tempo; ed appena una incerta e confusa memoria ce ne fa conservata da alcuni storici.
      La sola città di Pisa rifiutossi di prender parte alla lega proposta dai deputati pontificj, forse perchè non poteva sperare verun nuovo privilegio prendendo le armi contro gl'imperatori, da' quali aveva già ricevute le più ampie prerogative: ed in varie circostanze assai disastrose mostrò apertamente che la riconoscenza d'un popolo libero è più potente e durevole di quella dei popoli subordinati al governo di un solo. Nel 1192 Enrico VI aveva con un memorabile diploma accordato ai Pisani tutti i diritti regali non solo entro la loro città, ma sopra un vasto territorio popolato da sessantaquattro tra borgate e castelli330. Aveva inoltre loro cedute in feudo la Corsica colle isole dell'Elba, di Capraja e di Pianozza; riconfermato il privilegio, di cui godevano da lungo tempo, di eleggere i proprj consoli e magistrati, ed espressamente dichiarato essere sua intenzione che i Pisani fossero e rimanessero liberi, e perciò gli esentava da ogni contributo e dall'alloggio militare. I Cardinali passarono a Pisa per ridurre que' magistrati ad entrare nella lega fatta per difendere la Chiesa, chiedendo loro per primo pegno di sommissione alla santa sede di rappacificarsi coi Genovesi; ma i Pisani vi si rifiutarono costantemente331, e da quest'epoca fino alla caduta della loro repubblica furono sempre capi della parte ghibellina in Toscana.