Innocenzo III accolse questa domanda, e la riconobbe legittima. Persuase Gualtieri a ripassare in Francia per assoldare una piccola armata; e quando fu di ritorno l'oppose a Marcovaldo; e così introdusse la prima volta i Francesi nel regno di Napoli. Non pertanto, quai che si fossero i progetti del pontefice, non sortirono il desiderato effetto. Gualtieri, dopo aver avuto alcuni vantaggi, perì in una scaramuccia l'anno 1205344.
      Non trascurava Innocenzo di rialzare anche in Germania il partito guelfo. Ottone, uno de' pretendenti al trono, apparteneva ad una famiglia d'ogni tempo ligia dei papi, mentre Filippo di Svevia era d'una famiglia loro contraria; e però Innocenzo dichiarossi a favore del primo, e fece osservare che Filippo precedentemente scomunicato per alcune violenze commesse contro la Chiesa, non aveva potuto senza scandolo essere considerato eleggibile345. Non pertanto dopo alcuni anni la fortuna della guerra dichiarossi contraria al protetto del papa, il quale, cacciato di Colonia dal suo rivale, fu forzato d'andare in Inghilterra a mendicar soccorsi, onde il papa, anteponendo il proprio al vantaggio d'Ottone, non si vergognò d'entrare in trattative con quel Filippo medesimo che aveva lungo tempo perseguitato. Per confessione dello storico ecclesiastico, egli incominciò a riconciliarlo colla Chiesa346. Aggiunge Arnaldo di Lubecca, che Filippo offrì sua figlia in isposa a Riccardo fratello del papa, dandole in dote la Toscana, Spoleti e la Marca d'Ancona; finalmente promise di acconsentire che Ottone venisse designato suo successore, ed eletto re de' Romani347. Le trattative quasi a termine ridotte, furono rese inutili dalla morte di Filippo, ucciso del 1208 nel proprio palazzo da un suo particolar nemico.