Intanto, dopo essersi assicurato dei partigiani dell'alta Italia, Ottone IV s'avanzò alla volta di Roma, ove dalle mani d'Innocenzo III ricevette la corona dell'Impero, ma la buona intelligenza tra di loro fu di breve durata355: un ammutinamento dei Romani incominciato in tempo dell'incoronazione fu seguìto dal massacro di molti soldati tedeschi: l'imperatore non volle cedere al papa l'eredità della contessa Matilde e le vaste province che la santa sede credeva a se devolute, allegando il giuramento prestato all'atto della sua elezione, di mantenere le prerogative dell'Impero, e di non alienarne le possessioni; onde i due capi della cristianità separaronsi dopo pochi giorni scontenti l'uno dell'altro, e disposti a farsi la guerra.
      Ottone incaricato di difendere le prerogative per cui i Ghibellini avevano combattuto, si volse ai capi di questo partito. Sotto pretesto che il senatore era soggetto al papa, e che il popolo non sarebbe libero fin tanto che non fosse ristabilito il senato di cinquantasei membri, eccitò in Roma delle sedizioni dirette dalla famiglia Pietro Leone356. Accordò ai Pisani un amplissimo privilegio in conferma di quello d'Enrico VI, assicurandosi con tale beneficio del loro affetto357; contrasse alleanza coi generali tedeschi ch'erano rimasti nel regno di Napoli dopo la conquista dello stesso Enrico, ed investì del ducato di Spoleti il conte Diopoldo, uno de' più principali fra di loro358; per ultimo, di ritorno in Lombardia, fece ogni sforzo per rappacificare le città ed i partiti diversi che laceravano con private guerre quelle contrade, e si assicurò l'appoggio dei Milanesi, dei Parmigiani, dei Bolognesi, e di molti altri popoli359. Bonifacio d'Este si unì in suo favore ad Ezzelino ed a Salinguerra; ma per lo contrario il marchese Azzo d'Este, staccandosi dal primo imperatore che onorasse la sua famiglia, strinse alleanza col papa, e ricominciò nella Venezia la guerra contro il partito ghibellino.