Negando l'autorità de' vescovi, le indulgenze, il fuoco del purgatorio, i miracoli della Chiesa, la transustanziazione, il culto della Vergine, la dannazione de' bambini morti senza battesimo, prepararono la strada alla riforma390.
      Grande era il numero de' Patarini o Pauliciani in tutte le città d'Italia, perciocchè questa era la parte d'Europa meno predominata dalla superstizione; e perchè i governi popolari non avevano fino allora permesso che si perseguitassero i cittadini per le loro opinioni. Il codice Teodosiano aveva bensì decretata la pena di morte contro certi eretici risguardati come più colpevoli degli altri391; ma ne' tempi in cui tal legge fu tenuta in vigore, i vescovi avevano costantemente riclamato contro l'applicazione della pena. S. Agostino scriveva a Donato, proconsole d'Affrica, che s'egli non cessava dal punire gli eretici colla morte, i vescovi lascerebbero di denunciarli. E quando i vescovi mostraronsi proclivi allo spargimento del sangue, i principi non erano più persecutori; e non fu che del 1220, che il successore d'Innocenzo ottenne da Federico II la prima legge di morte contro gli eretici, come prezzo della corona che gli aveva data392.
      Non trascurava per altro Innocenzo d'eccitare con calde lettere i vescovi di Fiorenza, di Prato, di Faenza, di Bologna, a cacciare gli eretici fuori delle mura; e quando le sue lettere ottenevano l'intento, non lasciava di felicitarli d'essere entrati sul buon sentiere dell'eterna salute393. Avendo saputo trovarsi alcuni Paterini in Viterbo, città del dominio della Chiesa, vi si recò egli medesimo, e fece abbruciare le case degli eretici che avevano colla fuga prevenuto il suo arrivo.