Mentre Federico assicuravasi della dipendenza de' feudatarj, facendo smantellare le loro fortezze, andava in cambio fabbricandone di nuove nelle principali città della Sicilia e della Puglia, e stabiliva nella prima una guardia fedele che doveva rispondere di tutta l'isola. Tra le rocche innalzate da Federico, quella di Capuano posta nel centro di Napoli, ed oggi ridotta a palazzo dei re, sarà lungo tempo un nobile monumento della sua magnificenza515. La bellezza di questo palazzo determinò probabilmente i suoi successori a stabilirvi la loro dimora quando Napoli diventò la capitale del regno. Federico aveva di questi tempi accordato a Napoli un più importante favore, fondandovi un'accademia, e chiamando a professarvi il diritto, la teologia, la medicina e la grammatica i più distinti letterati d'Italia516. E per riunire in Napoli tutta la gioventù de' suoi regni che voleva applicarsi allo studio, oltre i molti privilegi accordati all'accademia, prescrisse che le professioni letterarie non potessero esercitarsi che da coloro che riceverebbero i gradì nella medesima. Attribuì pure ai professori di questa Università il diritto di giudicare tutte le controversie che avrebbero luogo tra gli scolari; ed ordinò ai professori ed agli scolari di Bologna di recarsi a Napoli quando quella città aveva provocata la sua collera; ma l'università repubblicana non fece verun conto de' suoi comandi o delle sue minacce.
      Mentre Federico andava ordinando i suoi regni, gli affari de' Cristiani in Terra santa erano estremamente peggiorati.