In tali frangenti cadde infermo e morì il landgravio; e lo stesso Federico non andò esente dal dominante contagio. L'imperatore dovette suo malgrado abbandonare un'impresa incominciata con sì fortunati auspicj; e scendendo dal suo vascello protrasse l'impresa fino al vegnente anno518.
      (1227) In quest'anno moriva ancora Onorio III, cui veniva surrogato Gregorio IX, della famiglia de' conti di Segna, e nipote d'Innocenzo III. Il nuovo pontefice che lusingavasi di vedere illustrato il primo anno del suo regno dalle vittorie di una crociata, s'abbandonò agli eccessi della collera quando seppe svanite tutte le sue speranze. Avea d'uopo di trovare un colpevole per potere in lui punire le avversità della fortuna, e senza monitorj, senza precedenti citazioni, il 29 del mese di settembre fulminò contro Federico la scomunica, perchè non era partito, come aveva promesso, all'epoca stabilita519.
      Nelle lettere che il papa diresse al clero del regno di Napoli, per giustificare una così strana procedura, accusa l'imperatore d'avere volontariamente dato i crociati in preda all'epidemia col riunirli nella stagione più calda ne' luoghi più insalubri, e coll'avere in seguito supposta una malattia ch'egli non ebbe mai, onde abbandonarsi senza ostacolo ai piaceri ed ai vizj.
      Federico dal suo canto inviò i suoi reclami a tutti i sovrani d'Europa520. Da Pozzuolo, ov'erasi recato per ricuperare la sanità in que' bagni resi così celebri dagli antichi poeti di Roma, scrisse ai cardinali, al clero de' suoi stati ed a tutti i re della Cristianità. Ordinò in pari tempo agli ecclesiastici di Napoli e della Sicilia di non fare verun conto dell'interdetto inflitto a tutti i luoghi in cui egli fosse per soggiornare e di continuare la celebrazione dei divini uffici521: finalmente per togliere ogni dubbio alla fatta promessa ed alla realtà della sua malattia che aveva sospesa l'esecuzione della crociata, faceva ogni cosa apparecchiare con grande sollecitudine per il passaggio di Terra santa nel susseguente anno.