(1228) In agosto del 1228 gli apparecchi erano terminati, e Federico partì infatti alla volta della Palestina, ma con un'armata assai meno numerosa che quella dell'anno addietro, perciocchè, a riserva di alcuni Tedeschi, non aveva oltramontani sotto i suoi ordini. S'imbarcò anche quest'anno a Brindisi, e dopo un felice tragitto diede fondo a san Giovanni d'Acri522.
      Quest'impresa fatta, per quanto sembrava, soltanto per provare l'ingiustizia della scomunica, si risguardò dal papa come una nuova offesa, anzichè quale soddisfacimento del passato; ed arse di tanta ira, che, quantunque il popolo romano, sdegnato per così scandalosa parzialità, prendesse le armi contro di lui sotto la direzione dei Frangipani, e lo forzasse a ritirarsi a Perugia, non solo rinnovò contro di Federico la sentenza di scomunica, ma gli dichiarò la guerra, promulgò contro di lui una crociata, e sotto il comando di Giovanni di Brienne, re titolare di Gerusalemme e suocero dell'imperatore, mandò un'armata a saccheggiare la Puglia523.
      In quest'armata, oltre i sudditi del papa, trovaronsi i suoi alleati lombardi, ed i vescovi di Clermont e di Beauvais: e nel susseguente anno furono inoltre chiamati dal papa a prender parte in questa guerra gli arcivescovi di Parigi e di Lione. Federico, partendo, aveva mandati ambasciatori al papa per ottenere un riconciliamento524; ma Gregorio non volle ascoltarli; ed invece incaricò i Francescani ed i Domenicani di far ribellare i sudditi di Federico e di pubblicare la falsa notizia della sua morte onde agevolare le conquiste di Giovanni di Brienne.