In Terra santa tutte le operazioni di Federico furono egualmente contrariate dai ministri del papa, e la sentenza di scomunica solennemente pubblicata in tutta la Palestina. Il patriarca di Gerusalemme sottopose all'interdetto tutti i luoghi che occuperebbe Federico, ed il gran maestro del tempio e di san Giovanni dichiararono di non poter servire sotto di lui; per cui l'imperatore fu forzato di acconsentire che nel suo proprio campo gli ordini non fossero dati in suo nome, ma in quello di Dio e della repubblica cristiana525. Mal si può concepire come in mezzo a tanti svantaggi Federico abbia potuto ottenere dal soldano d'Egitto un onorevole trattato per la Cristianità. A quest'epoca il soldano era padrone di Gerusalemme; e perchè i Musulmani, come i Cristiani, attaccavano a questo luogo un'idea di santità, credevasi in coscienza obbligato di conservare ai primi la libertà di poter fare questo pellegrinaggio cui si obbligavano frequentemente. Ma non erano i medesimi sacri edifici che eccitavano la divozione delle due sette. I Cristiani veneravano soprattutto il santo sepolcro e la chiesa fabbricata sopra il medesimo; ed i Musulmani erano in ispecial modo devoti del tempio de' Giudei innalzato sopra le ruine di quello di Salomone; tempio che nelle visioni di Maometto era stato una delle visioni del profeta, quando fece il suo viaggio in cielo. Federico, conoscendo questi estremi, proponeva del 1229 di lasciare il tempio ebraico ed il suo circondario sotto la custodia de' Musulmani, a condizione che il soldano gli cedesse il rimanente della città e parte del suo territorio526. Riservava per altro ai pellegrini, quando la proposta venisse accettata, il diritto di visitare lo stesso tempio, purchè mantenessero il debito rispetto527: e d'altra parte accordava ai Musulmani il diritto di entrare nella città di Gerusalemme; adottando prudenti misure per conservare la buona armonia tra le due nazioni e le due credenze528.