Intanto il papa non poteva prender parte in questa ribellione senza rendersi doppiamente colpevole; poichè non solo avrebbe messe in mano d'un figlio le armi contro al proprio padre, ma l'avrebbe fatto in tempo che riceveva dal padre un servigio di grande importanza. Di fatti, in questo stesso anno, essendo Gregorio costretto a fuggire da Roma, fu visitato a Rieti da Federico che offerse sè ed i suoi soldati in ajuto della Chiesa, e continuò tre mesi la guerra contro i rivoltosi romani3. Vero è che non sarebbe questi stato il primo figlio che Gregorio avrebbe armato contro il proprio padre. Il Rainaldi ci conservò negli Annali ecclesiastici una bolla diretta dallo stesso papa l'anno 1231 ai due signori da Romano, ordinando loro di dare essi medesimi il loro padre Ezelino II in mano del tribunale dell'inquisizione, se non rinunciava all'eresia4.
      (1235) Ad ogni modo qualunque siano state le segrete pratiche di Gregorio per determinare Enrico alla ribellione, quando in sul cominciare del susseguente anno Federico partì per recarsi in Germania onde ricondurre suo figlio al dovere, il papa assecondò gli sforzi dell'imperatore, scrivendo ai prelati della Germania per esortarli a non favorire il ribelle5. Federico attraversò l'Adriatico da Rimini ad Aquilea, ed entrò senz'armata in Germania, assicurato da tutti i principi dell'Impero della loro fedeltà6. Lo stesso Enrico si vide costretto a domandar grazia, e venuto a Worms a gettarsi al piedi del padre, il quale lo mandò prigioniero in Puglia dopo di averlo dichiarato decaduto dalla corona di Germania.