Tosto che questa pretensione ebbe qualche apparente fondamento, Innocenzo III, l'anno 1206, pretese che i Pisani rinunciassero ai diritti ed ai titoli che avevano sopra la Sardegna, e fece sposare l'erede di Gallura ad uno de' suoi cugini32.
      Tra i cittadini che si opposero con maggior fermezza alla domanda del papa, si notarono i Visconti, nobile famiglia pisana, che nulla aveva di comune con quella di Milano. Morto Innocenzo, due fratelli di questa famiglia, Lamberto ed Ubaldo33, armarono a proprie spese alcune galere, e sprezzando le scomuniche della Chiesa, mossero guerra ai piccoli signori ch'eransi dichiarati feudatari della santa sede, e ricuperarono così varie signorie che pretendevano di loro pertinenza. In tempo di questa guerra, che si prolungò almeno diciotto anni, Lamberto morì, ed Ubaldo, rimasto solo, chiese in isposa Adelaide marchesana di Massa, ed erede delle giudicature di Gallura e delle Torri, ch'egli riclamava come dominj di sua pertinenza, e che omai aveva quasi interamente riconquistate. Gregorio IX, ch'era parente d'Innocenzo III, e perciò ancora della erede di Gallura, approvò questo maritaggio che rendeva la pace alla Sardegna, ed assodava le pretensioni della Chiesa sopra quest'isola. Ubaldo fu assolto dalle censure; ed in contraccambio egli riconobbe la sovranità del papa sulla Sardegna, ed abiurò quella di Pisa34.
      Poichè si ebbe a Pisa sentore di questo trattato tanto pregiudicievole alla repubblica, l'indignazione fu universale. I conti della Gherardesca furono i primi a protestare contro la defezione di Ubaldo; e tutto il casato de' Visconti si credette obbligato a sostenere il suo capo: e perchè questo capo aveva contratta alleanza col papa, abbracciò in corpo le parti della Chiesa, mentre i Gherardeschi si strinsero sempre più a quelle dell'Impero.