Egli teneva pratiche coi Frangipani perchè gli cedessero le fortificazioni che avevano innalzate nel Coliseo, ottenendo le quali diventava padrone di una fortezza entro la stessa Roma; onde il papa non vedevasi omai sicuro nella sua stessa capitale, e temeva inoltre d'essere sorpreso dai soldati dell'imperatore quando recavasi nelle città del dominio ecclesiastico, Anagni, Città castellana, o Sutri. Il giorno sette di giugno erasi portato a Città castellana, per dare l'ultima mano, come egli diceva, al trattato di pace; ma infatti perchè aveva alcun tempo prima segretamente spedito a Genova un frate francescano per procurarsi la protezione di questa repubblica sua patria. Il 27 giugno ebbe, stando a Sutri, notizia dell'arrivo di ventidue galere ben armate, che i Genovesi gli avevano mandato a Civita Vecchia; perchè in sul far della notte partì quasi solo a cavallo vestito da soldato, e camminò con tanta celerità che appena fatto giorno giugneva in riva al mare, avendo fatto in quella breve notte di estate trentaquattro miglia. Quando poc'ore dopo si sparse in Sutri la notizia della fuga del papa, i suoi partigiani andavano dicendo che Innocenzo aveva avuto avviso dell'avvicinarsi di trecento cavalli toscani, spediti per prenderlo; ed il papa, giunto a Civita Vecchia, diceva lo stesso; quantunque tale racconto mal s'accordasse coll'apparecchio d'una flotta considerabile fatto molto tempo prima per venirlo a prendere a bordo.
      Innocenzo trovò sulle galere genovesi lo stesso podestà e tre conti del Fiesco suoi nipoti, venuti ad incontrario.