Era stata ordita in Roma una congiura contro la vita dell'imperatore: i frati francescani eransi addossato l'incarico di corrompere i cortigiani del principe e que' signori di cui più si fidava. Benchè questi frati fossero banditi dal regno, vi si recavano travestiti per tener vive colpevoli corrispondenze; e quando furono catturati i cospiratori e condannati a morte, tutti asserirono di non aver agito che dietro gli ordini della santa sede55. Federico ebbe quest'anno (1244) i primi indizj della congiura; e forse era vero che aveva ordinato di fermare lo stesso papa, onde confrontarlo coi colpevoli ch'egli aveva pur dianzi scoperti, allorchè questi si sottrasse colla fuga a tale affronto.
      Attraversando parte della Lombardia per recarsi da Genova a Lione, il papa ridusse al partito guelfo le città di Asti e di Alessandria, che presero parte alla lega. (1245) Giunto appena nella città che aveva scelta per sua dimora, e postosi sotto la potente protezione di san Luigi, convocò per la seguente festa di san Giovanni un concilio ecumenico in Lione, ad oggetto, diceva egli, di assicurare la Cristianità contro i Tartari, e soprattutto per sottomettere al giudizio della Chiesa la condotta di Federico56. Ma senza aspettare la sentenza che doveva pronunciare il concilio, rinnovò la scomunica fulminata contro l'imperatore da Gregorio IX.
      Intanto i vescovi d'Inghilterra, di Francia, di Spagna, ed anche alcuni d'Italia e di Germania, adunavansi a Lione in numero di centoquaranta; ed Innocenzo aprì il concilio nel convento di san Giusto il 28 giugno del 1245. In tale occasione presentò al senato della Chiesa il prospetto dei mali cui trovavasi la Chiesa esposta: ed era pur vero che i Latini non eransi ancor trovati in più calamitosi tempi.