Finalmente fece noto al papa ed al concilio che Federico era già a Torino, disposto di venire a giustificarsi personalmente; e fece calde istanze perchè fosse accordato a questo principe un sufficiente termine per presentarsi all'assemblea. Innocenzo rifiutò l'inchiesta, ed il concilio, ciecamente ligio, approvò la risposta del suo capo. Nonpertanto mosso dalle istanze degli ambasciatori di Francia e d'Inghilterra, Innocenzo differì di dodici giorni la seguente sessione, e l'assemblea aderì alla proposta del pontefice. Informando il suo padrone dell'assoluto predominio esercitato dal papa sull'assemblea, Tadeo di Suessa probabilmente lo sconsigliò dal viaggio di Lione, onde Federico non si avanzò oltre Torino. Il 17 di luglio si tenne la terza sessione senza che l'imperatore si presentasse. Incominciando la sessione, Tadeo dichiarò a nome di Federico, che qualunque si fosse la sentenza di un concilio composto di così piccolo numero di vescovi, e senza l'intervento de' procuratari de' vescovi assenti, di un concilio al quale la maggior parte de' sovrani d'Europa non avevano mandati ambasciatori, appellava ad un altro più solenne e più numeroso concilio.
      Innocenzo, dopo avere confutata la protesta e l'appello di Federico e del suo ministro, fece leggere la sentenza di scomunica ch'egli aveva preventivamente scritta. Appoggiavasi alla mancanza di fedeltà di Federico al papa, di cui era vassallo come re di Sicilia; alla rottura della pace più volte stabilita colla Chiesa, alla prigionia sacrilega dei cardinali e dei prelati che andavano al concilio di Roma; finalmente all'essersi reso colpevole d'eresia, disprezzando le scomuniche pontificie, e collegandosi coi Saraceni, de' quali aveva adottati i costumi: e chiudevasi con queste notabili parole: «Noi dunque che, quantunque indegni, rappresentiamo in terra nostro Signore Gesù Cristo; noi, ai quali nella persona di san Pietro furono dirette queste parole: tutto ciò che voi avrete legato in terra, sarà legato in cielo; noi abbiamo deliberato coi cardinali nostri fratelli, e col sacro concilio intorno a questo principe resosi indegno dell'Impero, de' suoi regni e di ogni onore e dignità. A motivo de' suoi delitti e delle sue iniquità Dio lo rifiuta, e più non soffre che sia re o imperatore.