Alla testa della colonia fu stabilito un duca per rappresentare il doge, il quale veniva eletto ogni due anni dal maggior consiglio di Venezia, ed era, come il doge, assistito da due consiglieri superiori. Eranvi a Candia come a Venezia i giudici del proprio, i signori della notte, quelli della pace, il piccolo consiglio, o signoria, il grande cancelliere, e soprattutto il maggior consiglio, che nella stessa epoca di quello di Venezia fu dichiarato nobile ed ereditario. Perciò quando, del 1669, la città di Candia fu presa dai Turchi, e che la repubblica perdette la colonia, i gentiluomini di quel consiglio richiamati nella metropoli, furono risguardati come non avessero mai perduti i loro ereditarj diritti; e tutti i nobili candiotti dichiarati nobili veneziani, e come tali registrati nel libro d'oro225.
      Le frequenti sedizioni de' Candiotti, le non meno frequenti invasioni de' Greci sudditi di Vatace, di Teodoro Lascari, o di Paleologo tennero questa colonia in continui pericoli in tutto il tredicesimo secolo. Fu pure contrastata ai Veneziani dai Genovesi che quasi nel tempo della prima conquista avevano saputo formar uno stabilimento nell'isola. Questo popolo era geloso degl'immensi dominj che i Veneziani avevano acquistati nel Levante, e più ancora dell'estensione del loro commercio e delle loro ricchezze. I Genovesi avevano più volte tentato di appropriarsi alcune isole dell'Arcipelago, ed alcune piazze forti della Morea. Tale gelosia avvelenò una lite eccitata tra le due popolazioni dal solo punto d'onore nella città di Tolemaide ossia san Giovanni d'Acri.