Allora colle milizie fiorentine e lucchesi venne ad assediare il castello di Montopoli, di cui s'impadronì nel mese d'ottobre. Ma, mentre continuava ad offendere la sua patria, morì a san Miniato in maggio del susseguente anno, lasciando un figliuolo chiamato pure Giovanni, che per distinguerlo dal padre fu poi detto Nino di Gallura. Questo giovane, nipote per parte della madre del conte Ugolino, fu in avvenire tra i Pisani il capo del partito guelfo.
      Questa parentela rese il conte ancora più sospetto ai Ghibellini che governavano Pisa, onde fu esiliato in luglio del 1275. Passò subito a Lucca, e si unì ai Guelfi, come aveva fatto il giudice di Gallura363. Frattanto Pisa, snervata dall'abbandono dei capi delle due fazioni, trovavasi troppo debole per tener fronte all'intera Toscana contro di lei congiurata, a' suoi proprj emigrati ed alle truppe del re Carlo. I Pisani furono la prima volta battuti ad Asciano, ove perdettero molta gente; poi l'anno susseguente a Fosso Arnonico; onde si videro costretti a ricevere di nuovo in città tutti gli esiliati, loro accordando la principal parte del governo. Ma Ugolino che non solo erasi alleato coi nemici della sua patria, ma ancora con quelli della sua fazione e della sua famiglia, non potè mai più purgarsi da questa taccia agli occhi de' suoi concittadini. Lo stesso anno (1276) in cui fu richiamato, Ruggero degli Ubaldini, uscito da una famiglia di Muggello, ch'era sempre stata ghibellina, venne promosso all'arcivescovado di Pisa364. Egli era quello che del 1288 doveva fare crudelmente pagare al conte Ugolino la pena de' suoi tradimenti.