La mancanza di vittovaglie e l'avvicinarsi dell'equinozio l'obbligarono a tornare a Brindisi. Nell'inverno andò in Puglia, ammassando danaro, vittovaglie ed uomini, per rinnovare in primavera la guerra con maggior vigore; ma un amaro presentimento della sua rapida decadenza e del trionfo di nemici che aveva prima disprezzati, lo rodevano internamente. Lo sforzo che egli faceva per comprimere il suo dolore ed il suo scoraggiamento, guastavano la sua salute; sicchè cadde finalmente infermo a Foggia. Le ultime sue parole furono dirette all'ostia sacra nell'atto di ricevere la comunione nel suo letto della morte. «Signore Iddio, diss'egli, io credo veramente che tu sei il mio salvatore, onde ti prego ad aver pietà della mia anima. E così com'io feci la conquista della Sicilia più per servire alla santa Chiesa, che pel mio interesse, o per altra cupidigia, tu perdonami i miei peccati27.» Morì poco dopo il giorno 7 di gennajo del 1285 in età di sessantacinque anni, dopo averne regnato diecinove in Napoli. Malgrado la testimonianza che rendeva a sè medesimo negli ultimi istanti di vita, non possiamo facilmente credere che un uomo tanto ambizioso e crudele non avesse altro scopo nelle ingiuste conquiste che costarono tanto sangue, che la gloria di Dio.
      La sua morte precedette di poco quella de' principali monarchi, che come suoi amici, o rivali, avevano con lui travagliata l'Europa. Filippo V l'ardito, dopo una rovinosa campagna in Arragona, morì a Perpignano il 6 ottobre dello stesso anno; Pietro d'Arragona cessò di vivere a Barcellona l'otto di novembre per le ferite avute nella stessa campagna; e Martino IV, fedele creatura e cieco strumento di Carlo, era morto il 25 marzo dello stesso anno a Perugia.