Quegli stessi uomini, che avevano poc'anzi trucidati gl'innocenti abitanti dell'Arragona e della Sicilia perchè il papa aveva conceduti que' regni ad uno de' loro principi, osarono per servire al loro re d'intentare un processo contro lo stesso papa. Guglielmo di Nogaret presentò, il 12 marzo 1301, una supplica al re, in presenza de' principi del sangue e de' vescovi, colla quale accusava Bonifacio di simonia, d'eresia, di magia e di altri enormi delitti, chiedendo l'assistenza del re onde adunare un concilio generale per liberare la Chiesa dalla sua oppressione122.
      Bonifacio non era uomo da lasciarsi soverchiare in fatto di violenze: convocò a Roma un'assemblea del clero francese ad oggetto di riformare gli abusi introdotti dal re nell'amministrazione civile ed ecclesiastica del regno123; e perchè il re vietò al suo clero d'andare a Roma, Bonifacio fulminò la scomunica generale contro tutti coloro che impedissero ai Cristiani d'avvicinarsi alla sede degli apostoli, qualunque si fosse la condizione de' contravventori, fossero pur anche rivestiti della dignità reale, e sebbene avessero ottenuto il privilegio da qualche papa di non poter essere scomunicati124. Questa bolla era diretta contro lo stesso Filippo il bello; e Bonifacio il quale teneva per fermo che quest'atto di severità lo avrebbe indotto a sottomettersi, spedì un legato in Francia con facoltà d'assolvere il re tosto che si fosse ravveduto. Ma invece di sottomettersi, Filippo preparava una tale vendetta che verun principe cristiano nè prima nè dopo osò mai prendersi del capo della Cristianità.