Quando Boccanigra potè ottenere un istante di silenzio, disse: «Io sento, cittadini, tutta la riconoscenza ch'io debbo a tanto zelo, a tanta benevolenza; ma il titolo che voi mi date, non era ancora entrato nella mia famiglia, ed io non voglio essere il primo ad introdurvelo. Accordate dunque, vi prego, quest'onore ad alcun altro cui meglio che a me si convenga355.» I cittadini sentirono allora che il titolo di Abate del popolo non poteva appartenere che ad un plebeo, e che Boccanigra, che contava un capitano del popolo tra i suoi antenati, non poteva, senza far loro torto, accettare una così diversa magistratura356. «Siate dunque nostro signore, nostro doge, gridarono essi; ma siete voi, voi solo che vogliamo riconoscere per nostro protettore.» I medesimi capitani del popolo, temendo che la rivoluzione si rendesse più feroce, supplicarono Boccanigra ad accettare la sua elezione; e perchè il titolo di doge, che per accidente eragli stato offerto, ricordava il doge di Venezia, capo d'uno stato libero simile a Genova, la nuova costituzione, stabilita in mezzo ai clamori popolari, rimase libera e repubblicana: Boccanigra ebbe un consiglio popolare, e la sua autorità venne limitata dai poteri che si riservò la nazione357.
      Boccanigra nel corso de' cinque anni che tenne l'affidatogli potere, ne usò gloriosamente: con mano vigorosa represse gli eccessi cui il popolo si abbandonava ne' primi istanti della rivoluzione; trasse di mano ai sediziosi Rebella Grimaldi, sebbene suo particolare nemico; contenne il marchese del Carretto e gli altri feudatarj che commettevano frequenti ladronecci in vicinanza de' loro feudi; assoggettò ai magistrati della repubblica le fortezze tutte ed i castelli delle due riviere, tranne Monaco, difeso dai Grimaldi, e Ventimiglia in cui si erano uniti i capi delle quattro grandi famiglie358. E la sua amministrazione fu pure illustrata da alcune vittorie ottenute dalle flotte della repubblica sui Turchi nel mar nero, sui Tartari presso Caffa, ed in Ispagna sui Mori359.