Egli si collocò all'ingresso del porto con sei grandi vascelli e venti galere, che unì con catene le une alle altre. Nello stesso tempo Morosini, suo viceammiraglio, con quindici galere e venti speronare o barche armate, aveva preso terra in fondo al porto assai lontano dall'ingresso186.
      Quando Paganino Doria seppe dove trovavansi i nemici venne a presentar loro battaglia il 3 novembre del 1354, in faccia al canale di porto Lungo, ed invano con mille ingiurie i suoi equipaggi cercarono di provocare il Pisani ad accettarla. Questi colle sue galere unite rimaneva immobile, sdegnando gl'insulti de' Genovesi, ed aspettando favorevole circostanza per combattere. Finalmente Giovanni Doria, nipote dell'ammiraglio, con superbo ardimento penetrando tra la flotta veneziana e la spiaggia, entrò nel porto. Il Pisani non gli si oppose, vedendo che quest'uomo, posto tra la sua linea e quella del Morosini, più non avrebbe potuto salvarsi. Lasciò pure che passassero una dietro l'altra dodici galere comandate dal giovane Doria, le quali attaccarono impetuosamente la divisione del Morosini in fondo al porto. Le navi appoggiate alla riva potevano più facilmente difendersi; ma i Veneziani, sorpresi da così subito attacco quando credevano di trovarsi in luogo sicuro, non opposero che una debole resistenza. Molti marinai atterriti, gettaronsi in mare per salvarsi a nuoto, non pochi s'annegarono, e tutte le navi caddero in potere de' Genovesi. Il giovane Doria venne allora ad attaccare alle spalle la linea che difendeva l'ingresso del porto, già combattuta di fronte dallo Zio; spinse contro la medesima due delle navi predate, cui aveva appiccato il fuoco, onde incendiare tutta la flotta nemica, locchè cagionò tanto spavento ai Veneziani, che s'arresero senza più difendersi.