Poco godettero gli Austriaci il nuovo acquisto che loro avea costato gravi sacrifici d'oro e di sangue. Essi trascurarono il porto e la città di Genova che si doveva espugnare a tutto costo, prima anche di prendere le altre piazze d'Italia; fra i comandanti austriaci e russi nacquero sanguinose gare; la spedizione nella Svizzera delle truppe Moscovite sotto il comando del generale Suwarov andò fallita; le gloriose vittorie del generale francese Massena; più di tutto lo strepito delle armi di Bonaparte, che sebbene impegnato nella spedizione d'Egitto, al primo avviso che l'Italia era ritornata in potere degli antichi suoi tiranni, volò in Francia e sciolto il Direttorio, che era forse stato causa degli sconvolgimenti militari in Italia, raccolse all'infretta un'armata di coscritti a Digione, penetrò nella Svizzera al rinnovar della stagione, fe' arrampicare i suoi combattenti sulle impraticabili cime del gran San Bernardo, precipitò nel Vallese, scorse il Piemonte ed entrò il giorno 2 giugno dell'anno 1800 nuovamente fra le acclamazioni in Milano, che trovavasi abbandonata dal generale Melas, mentre teneva occupate le sue genti nell'inutil blocco di Genova.
      Due giorni dopo il Governo di questa città manifestò a' suoi cittadini i generosi sentimenti del Primo Console della prima nazione, Bonaparte, pubblicando le seguenti norme da inviolabilmente osservarsi:
     
      I. Sarà riorganizzata la repubblica Cisalpina come nazione libera ed indipendente.
      II. Dovrà da chiunque essere rispettato il libero e pubblico esercizio della religione Cattolica, secondo gli usi che praticavasi al tempo che il prelodato Primo Console come generale in capo dimorava in Milano; venendo perciò vietato qualunque disprezzo contro la medesima e li suoi ministri; in modo che non ne venga impedito in tutta la sua estensione il libero e pubblico esercizio della medesima, nè per alcun modo sia fatto disprezzo ai simboli che la riguardano, sotto le più rigorose pene estensibili anche alla morte a giudizio delle autorità competenti.