Il risveglio graduale della vita scientifica incontrò, per giunta, un nemico formidabile nel partito ultramontano. Napoleone III seguiva la teoria della solidarietà degl'interessi conservatori, onde vedeva nella Chiesa un puntello della tirannide e l'unica potenza ideale che potesse preservare le moltitudini ignoranti dalla turpezza della bramosia materialistica. "Il mio governo", disse nel settembre del 1852, alla posa della prima pietra della cattedrale di Marsiglia, "il mio governo, lo dichiaro con orgoglio, è forse il solo, che abbia favorito la religione per sé stessa; giacché l'ha sostenuta non già quale strumento politico, non già per piacere a un partito, bensì soltanto per convinzione". Il giorno di Capodanno dopo il colpo di stato fu cantato solennemente il Tedeum in ringraziamento della salvezza della società, il Pantheon fu restituito al culto di Santa Genoveffa, e accordata su semplice ordine governativo la formazione di nuovi ordini femminili. Nei primi anni dell'impero fu stretta anche più salda la lega tra il dispotismo temporale e lo spirituale. Il clero rendeva ossequio "all'inviato del Signore, all'eletto della sua Grazia, allo strumento del divino Consiglio" in discorsi adulatorii, rugiadosi di servilità, come appena sotto il primo imperatore. L'affinità elettiva tra la Chiesa militante e il gloriosissimo esercito, questi due grandi corpi animati dallo spirito dell'ordine e dell'ubbidienza, fu il tema preferito della ossequente predicazione dal pergamo. Tutto lo sdegno dell'uomo e del cristiano per una tale profanazione delle cose più sacre fu espresso in una bella lettera, che in quel torno di tempo Tocqueville diresse a uno di quei vescovi ligi.