Ma noi non dobbiamo vedere adesso in Monsignor Bottari che il dilettante delle belle arti, e ristringerci soltanto ad accennare quanto scrisse e fece per le medesime, lasciando pure da un lato le onorificenze d'ogni maniera che gli furono per le sue virtù prodigate. Nel 1725 passò da Firenze a Roma senza pensiero di farvi lunga dimora; ma del 1730 vi fissò la sua stanza, ed ebbe un canonicato e la cattedra di Storia Ecclesiastica nella Sapienza. Questa per altro lo allontanò per poco dalle cose delle arti, perciocchè nel 1732 fu mandato a Ferrara per formare sostegni in quelle valli, indi insieme ad Eustachio Manfredi, a visitare il Tevere da Perugia sino alla foce della Nera, poscia il Teverone; delle quali visite fece una circostanziata Relazione, che si pubblicò firmata ancora dal Manfredi, sebbene sia lavoro soltanto del Bottari.
      Nel 1755 intervenne con altri uomini scienziati ad una privata accademia che si tenne in Roma dove Ennio Quirino Visconti, fanciullo di quattr'anni o poco più, diede luminosi saggi del suo precoce ingegno. Fu custode della Libreria Vaticana e cappellano segreto di S. Santità; ed all'ultimo, pieno d'anni e di meriti, morì in Roma nel 1775.
      Registreremo adesso tutto quello che di lui abbiamo intorno alle Belle Arti:
      1° Sculture e Pitture Sacre estratte dai Cimiteri di Roma, nuovamente date in luce colle spiegazioni. Tomi tre in foglio dal 1737 al 1753
      2° Del Museo Capitolino, tomo I, contenente le immagini di uomini illustri. Roma, 1741 in foglio; ed il secondo pubblicato in idioma latino nel 1750.