Fece poi condurre di fabbrica il campanile di Santo Spirito di Fiorenza, e similmente quello di San Miniato in Monte, il quale, benché fusse per l'assedio di Fiorenza l'anno MDXXIX inimicissimamente dalla artiglieria del campo battuto, non però fu mai rovinato. Per il che non minor fama acquistò per la offesa che faceva a' nemici, che per la bontà e per la bellezza con che Baccio lo aveva fatto lavorare e condurre.
      Avvenne ch'egli per le sue buone qualità e per la piacevole domestichezza che aveva coi cittadini, fu posto nell'opera di Santa Maria del Fiore alla cura per architetto; dove diede i disegni di fare il ballatoio che ricigne intorno alla cupola, il quale Pippo di Ser Brunellesco, sopraggiunto dalla morte, aveva lasciato a dietro. E bench'egli avesse fatto i disegni di tal cosa, per la poca diligenza de' ministri dell'opera, erano in mala parte andati e perduti. Per il che Baccio, fatto sopra suoi disegni modello, mise in opera tutta la banda verso il canto de' Bischeri. Ma Michele Agnolo Buonaroti, nel suo ritorno da Roma, veggendo tal cosa farsi e tagliare le morse che fuora aveva lasciate Filippo Brunellesco, fece tanto romore, che si fermò tal fabbrica. Per il che Michele Agnolo fece modello, e con gran dispute d'artefici e di cittadini, che erano intorno al Cardinale Giulio de' Medici tanto fecero, che né l'uno né l'altro si mise in opera. Fu biasmato questo disegno di Baccio in molte parti, non che di misura in quel grado non stesse bene, ma che troppo diminuiva, a comparazione di cotanta macchina, onde per le inimicizie suscitate, , non se li diede fine.