I tempi erano mutati e, quantunque Giovanni avesse accettata la dignità di cardinale della chiesa romana dall'antipapa Nicolò V (dignità ch'ei però aveva deposta al riconciliarsi che fecero i Visconti col papa), Clemente VI lo riconobbe e preconizzò arcivescovo l'anno 1342. Giovanni, il giorno 17 di agosto 1339, era già stato dichiarato signore di Milano dal consiglio generale, insieme col fratello Luchino; quindi, dopo la morte di questi, non v'ebbe bisogno di nuova elezione per dargli la signoria; onde egli, senz'altra cerimonia, venne da ognuno obbedito. Si trova però un decreto memorabilissimo, fatto dal consiglio generale, verosimilmente in questo tempo; poiché oltre al confermare il dominio all'arcivescovo Giovanni, il principato, che sino a quel giorno era stato elettivo, si stabilì ereditario. Tale decreto leggesi in un antico codice segnato A, che si conserva nell'archivio del reale castello, segnato n. 1, p. 11. Ecco le di lui parole: Quod praefatus magnificus et excelsus dominus Johannes, filius quondam bonae memoriae domini Matthei de Vicecomitibus, et posi ejus domini Johannis decessum, eo modo, quilibet alius masculus, descendens per lineam masculinam et ex legittimo matrimonio ex praefato quondam domino Matthaeo de Vicecomitibus sit et sint perpetuo verus et legitimus et naturalis dominus, et veri et legitimi et naturales domini civitatis et totius districtus et dioecesis et jurisdictionis Mediolani516. Questo decreto ivi è mancante e del principio e del fine.