Egli ebbe dal suo principe la nobilissima commissione di firmare il trattato di nozze colla principessa di Danimarca. Nissun soggetto meritevole di speciale menzione porsero per più anni di seguito i governatori marchese di Pescara, e duchi di Sessa e di Albuquerque, l'ultimo de' quali morì nel 1571, dopo un governo di sette anni; e fortunatamente sono estranee alla nostra storia le orrende scene della regia famiglia di Madrid e le carnificine dell'Olanda. (1563) Noi abbiamo solo a narrare che sono riusciti inutili i tentativi del duca di Sessa per dare una più ampia consistenza al tribunale dell'Inquisizione, che fino dal 1559 era stato fondato nel convento delle Grazie dal cardinale alessandrino Michele Ghislieri, poi Pio V999.
      (1565) Benché il cardinale Borromeo fosse stato investito fin dal mese di febbraio del 1560 dell'arcivescovato di Milano per rinunzia del cardinale Ippolito II d'Este, nella di cui casa era rimasto in commenda per più di sessant'anni, egli dovette rimanere in Roma presso lo zio come suo segretario di Stato; e soltanto il 23 settembre del 1565, essendo in età d'anni ventisei1000 poté recarsi alla sua diocesi per assistere al concilio provinciale, la di cui convocazione avea, stando in Roma, ordinata. Il suo ingresso fu sontuosissimo. Le vie dalla Basilica di Sant'Eustorgio fino alla chiesa metropolitana erano ornate magnificamente e affollatissime di popolo. Oltre la lunga comitiva del clero secolare e regolare che il precedeva, ebbe l'accompagnamento del governatore, del senato e delle altre magistrature e di quasi tutta la nobiltà, tra la quale furono scelti quelli che splendidamente vestiti e a piedi faceano corteggio intorno della sua persona, e reggevano il baldacchino che lo copriva1001. Egli stesso ebbe cura di far avvertito il vescovo di Como che il governatore, cavalcando alla di lui sinistra, si teneva costantemente ad un minor passo, per modo che la parte posteriore del suo cavallo restava allo scoperto; e i sensi della maggiore soddisfazione ne scrisse del pari al cardinale Altemps, commentando in ispecie la religione e la pietà del governatore, e che di averlo trovato devotissimo a sé ed al pontefice sommamente si compiaceva1002. I vescovi che si considerarono suffraganei di Milano al primo sinodo tenuto dall'arcivescovo Borromeo furono delle seguenti città: Acqui, Alba, Alessandria, Asti, Bergamo, Brescia, Casale, Cremona, Lodi, Novara, Piacenza, Savona, Tortona, Ventimiglia, Vercelli e Vigevano.