Appena, finito il concilio provinciale, avea il cardinal Borromeo dato principio alle riforme in quello stabilite, fu sollecitamente richiamato a Roma dalla notizia della grave infermità del papa, e giunse in tempo di assistere alla di lui morte, avvenuta il 9 dicembre, e per prendere una parte attivissima all'elezione del successore. Uno scrittore contemporaneo, e apparentemente bene informato, ci è testimonio che il cardinale Borrorneo avea somma autorità, e si era proposto di far papa il cardinale Giovanni Morone, milanese1003; il quale per le vicende della fortuna, dopo di essere stato perseguitato e fatto carcerare da Paolo IV come eretico, richiamato in favore sotto Pio IV, avea legato apostolico, presieduto e posto termine al concilio di Trento. (1566) I due che più potevano, erano il cardinal Farnese e il Borromeo. Aderivano al primo gli elettori fiorentini, inclinando a far nominare il cardinale di Montepulciano; erano per il secondo, Altemps, suo cugino, e le creature di Pio IV. Tra queste gare prevalse un terzo partito, che innalzò alla sede pontificia il cardinale Ghislieri, col nome di Pio V.
      Restituitosi il cardinale arcivescovo alla sua diocesi di Milano, riassunse tosto il pieno esercizio delle sue funzioni con quello zelo vivace ed insistente ch'era proprio del di lui carattere. E siccome l'antica milizia ecclesiastica, i Francescani ed i Domenicani, non avevano la di lui confidenza, così prese a suoi coadiutori i Gesuiti, la di cui istituzione era stata approvata da Paolo III. Fin dal 1563 egli erasi fatto precedere in Milano da un drappello di essi, sotto la direzione del padre Palmio.