(1567) Si fece fare delegato apostolico per riformarlo, e predisposti i mezzi a render nulla ogni resistenza1007, radunò il capitolo generale a Cremona, ove promulgò la riforma, per la quale i prevosti perdevano ogni proprietà e venivano soggettati alla vita monastica. Era naturale che, come di cosa insolita e per essi sommamente nociva e umiliante, ne concepissero gravissimo sdegno non meno i prevosti che le nobili famiglie cui appartenevano1008; quindi ne emersero grandi susurri e querele e maldicenze infinite; il papa fu sollecitato a rimettere in parte la severità de' nuovi statuti; i principi, instigati a non lasciar ledere la loro giurisdizione; e quando per nessun'altra via ha potuto aver sfogo il soverchio degli umori, questi proruppero poi e finirono in un attentato vile e vituperevole, colla rovina dei suoi autori.
      Con non minore severità diede opera alle altre parti delle meditate riforme: e senza partecipazione o assenso de' magistrati facea citare i laici per titoli appartenenti al suo fôro; altri ne facea tradurre alle proprie carceri; accrebbe di molto il numero del satellizio arcivescovile, e pretese che a questo fosse lecito di portare, oltre le altre armi, anche le astate e l'archibugio, che da' regii ordini erano generalmente proibite1009. All'inflessibilità dei governo, alla severità de' tribunali oppose l'arcivescovo la scomunica. Da entrambe le parti ne fu scritto al re ed al papa, e varie e gravi mormorazioni corsero nel pubblico1010. (1569) Nuovi e maggiori scandali insorsero per aver voluto l'arcivescovo visitare solennemente il capitolo della Scala, che, come di regio padronato e per privilegio pontificio, tenevasi esente dalla giurisdizione arcivescovile1011. Frattanto un accidente estraneo, il tentato assassinio del cardinale Borromeo, rese preponderante la sua causa sì nell'opinione del pubblico, che presso le corti che doveano giudicarne.