Durante quel gran disastro rifulse splendidissima la somma carità del zelante pastore verso l'afflitto suo gregge, cui dedicò ogni sua cura, soccorse colle sue largizioni e cercò persino di giovare colla erezione delle croci ne' quadrivi (con poca opportunità rese poi stabili), perché i rinchiusi nelle case potessero in qualche modo assistere alle sacre funzioni che si celebravano innanzi ad esse: mezzo assai adatto di distrazione e di rincoramento agli animi sbigottiti; e se la piena del suo zelo non fosse trascorsa a dar causa di più propagarsi il contagio colle processioni, la sua lode sarebbe molto maggiore e intemerata. Né perciò interruppe l'esecuzione de' molti suoi benefici e magnifici progetti, ed ogni anno era segnato dall'esecuzione di più d'uno di quelli, con una gloria ben più solida e vera che non nel farsi campione delle ambiziose pretese del sacerdozio. Oltre il collegio Borromeo e il Seminario, de' quali s'è già parlato, si succedettero le fabbriche di San Martino degli Orfani; delle convertite di Santa Valeria, ampliata di poi della chiesa jemale del Duomo, però a spese della Fabbrica; de' monasteri di Santa Marcellina, di Sant'Agostino Bianco e di Santa Sofia, allora Orsoline; del collegio delle Vedove, del conservatorio delle fanciulle alla Stella, del palazzo arcivescovile, e del collegio Elvetico, fabbrica delle più insigni, disegnata per l'interno da Fabio Mangoni, pel di fuori da Francesco Richini; dotandolo coi beni delle prepositure degli Umiliati de' SS. Jacopo e Filippo di Ripalta in Monza, di Santa Croce in Novara, di Sant'Antonio in Pavia, e dell'abbazia di Mirasole, per rinunzia ottenuta da suo cugino il cardinale Altemps.