Per cura del cardinale, nel predetto anno 1625, fu pure nobilmente riedificata la chiesa di Santa Maria Podone, posta dirimpetto al palazzo della sua famiglia.
      Le controversie giurisdizionali si suscitarono a diversi intervalli anche sotto il cardinale Federico; ma appena fu egli assunto all'arcivescovato, si mosse alle pratiche di un sincero accordo: al qual fine delegò per conferire co' ministri regi i monsignori Carlo Bescapè e Marsilio Landriani, vescovo il primo di Novara, l'altro di Vigevano, savii e dotti uomini. In seguito, col consenso del re cattolico, venne rimesso l'esame a Clemente VIII per uno stabile trattato di concordia. Il sommo pontefice mostrò molto impegno; le congregazioni tenevansi avanti di lui, ed erano frequenti; l'arcivescovo di Milano fu chiamato ad intervenirvi, e stette quattr'anni in Roma; ma quantunque il papa abbia vissuto ancora ott'anni dacché si incominciarono queste pratiche, morì nel 1605 senz'aver nulla conchiuso. Gli fu sostituito Paolo V. Le troppo famose sue contese coi Veneziani, e l'interdetto che fulminò contro quella Repubblica mostrarono tosto che poco si aveva a sperare da esso per la concordia giurisdizionale del Milanese, la quale infatti fu protratta di molti anni ancora; e finalmente sollecitata con infinite cure e sommi dispendii1061 dal cardinal Federico in Milano, a Roma, a Madrid, fu segnata nel 1615, sancita due anni dopo dal re e dal papa, e pubblicata il 19 febbraio del 1618, senza quasi aver effetto per le nuove contestazioni che immediatamente dopo sopravennero.