Quell'ostinata e prolungata incredulità lasciò libero al contagio di estendersi immensamente, e fu in ciò secondata dall'indolenza dapprima, poi dagli scarsi, inefficaci o improvvidi ordini de' magistrati. La lunga successione de' cattivi governi avea fatto dilatare l'avvilimento, l'inerzia, la stolidezza dalla plebe alle classi superiori, per modo che in quelle difficilissime circostanze il consiglio generale, il tribunale di Provvisione, quello di Sanità, il senato, il governo, tutti non si mostrarono che plebe, ed ebbero con essa comuni le stravaganze e i vaneggiamenti. Tranne il ricoverare gli appestati nel Lazzaretto, nessun altro opportuno provvedimento fu adottato in quest'occasione di quelli che pure il furono nella peste del 1576. A reggere quella repubblica di appestati fu delegato un frate con illimitata autorità, il padre Felice Casati, guardiano de' Cappuccini di porta Orientale1068. "Si è comandata con una mal intesa pietà una processione solenne, nella quale si radunarono tutti i ceti de' cittadini, e trasportando il corpo di san Carlo per tutte le strade frequentate, ed esponendolo sull'altare maggiore del Duomo alle preghiere dell'affollato popolo, prodigiosamente si comunicò la pestilenza alla città tutta, ove da quel momento si cominciarono a contare sino novecento morti ogni giorno"1069. Il cardinale arcivescovo avea ricusato di aderirvi, ma tali furono le sollecitudini e le istanze, che, quasi forzato, vi acconsentì1070. Il Ripamonti ci fa fede che da quel giorno la pestilenza ha acquistato tal forza e predominio, che veramente corrispondeva al suo nome1071. E soprabbondando il numero degli appestati che presentavansi ogni giorno al Lazzaretto, arrivarono ad essere un tempo nel detto luogo quattordicimila e cinquecento annoverati, restandone più volte le centinaia di fuori attorno a quella fossa, aspettando che la morte facesse loro qualche luogo1072. Per la qual cosa fu duopo erigere de' Lazzaretti sussidiari a San Barnaba al Fonte, a San Vincenzo in Prato e alla Trinità. Un altro ne fu fatto disporre dal cardinale arcivescovo nel seminario della canonica per gli ecclesiastici.