Intanto il partito oligarchico (conservatore) aveva commesso in quasi tutta la Repubblica gravi errori, i quali furono cagione che il governo passasse nelle mani del partito federale (democratico). Onde Codazzi abbandonò Venezuela, e si recò nella vicina Repubblica della Nuova Granata, di cui il presidente generale Mosquera lo aveva già da qualche tempo invitato a fare per quello Stato un lavoro geografico statistico, simile all'altro, che aveva compiuto pel Venezuela. Appena giunse nella Nuova Granata (1850), diede principio a quest'opera. Nel 1854 percorse ed esplorò tutto l'istmo di Panama accompagnando la Commissione Anglo-Francese-Americana per un canale inter-oceanico. Nel 1858 presentò al governo le mappe coreografiche di tutte le provincie in cui si divide la Nuova Granata: mancava soltanto la carta del basso Maddalena. Egli si proponeva d'esplorare a fondo la Sierra Nevada di Santamarta, regioni ricche di preziosi minerali e di fertili terre.
      Appunto allora, mutati gli uomini politici in quella repubblica, i nemici di Codazzi gli mossero aspra guerra, ma egli lottò con coraggio ed energia, e li vinse.
      Nel 1859 si recò nel basso Maddalena per compiere l'opera scientifica. Ma in quei luoghi insalubri, in mezzo ai disagi e privazioni di ogni genere, fu assalito da febbre tropicale, ed in poche ore morì alla età d'anni 66.
      Non v'ha nessuno in quelle contrade d'America che non conosca ed onori il nome di Codazzi; tutti parlano di lui come d'uomo benemerito della civiltà, e che ebbe sempre fermo ed operoso volere, e trionfò della sventura, del tempo, dell'invidia e della miseria.