Ma Brancaleone, al primo sentore della sedizione, aveva spedita la consorte a Bologna, per ottenere da quel senato che facesse strettamente custodire gli ostaggi dati dai Romani e mandasse deputati a Roma a chiedere la sua libertà. Invano il nuovo papa Alessandro IV rappresentò ai Bolognesi che il magistrato ch'essi domandavano era sospetto d'essere parziale di Manfredi, figlio e successore del loro nemico Federico; invano lo dipinse qual caldo ghibellino, indegno affatto della protezione di così zelanti guelfi; invano passando dalle sue persuasioni a quelle del rigore, li minacciò dell'interdetto se non mettevano in libertà gli ostaggi loro consegnati144: i Bolognesi si mostrarono così fermi nel difendere l'illustre loro concittadino, che i Romani dovettero rimandare libero Brancaleone; il quale, giunto a Fiorenza, segnò un atto di rinuncia alla sua carica, che ci fu conservato145. Sembra che dopo il corso pericolo, la rinuncia di Brancaleone dovesse essere sincera e senza pentimento: pure quando, dopo due anni, fu dai deputati romani invitato nuovamente a riassumere una carica che il popolo troppo amaramente allora pentivasi d'avergli tolta, Brancaleone tornò a Roma, e per la seconda volta vi ristabilì la sicurezza ed il governo popolare: ma il desiderio della vendetta aggiungendosi forse all'abituale severità del suo carattere, mandò al supplicio alcuni degli Annibaldeschi, e tutti gli altri cacciò da Roma. Scomunicato da Alessandro IV, per vendicarsene, costrinse questo pontefice con tutta la sua corte ad uscire di Roma, ed in appresso attaccò Anagni, patria d'Alessandro, e la rese soggetta alla repubblica romana.